GotAI.NET
Форум: Проблемы искусственного интеллекта
Регистрация
|
Вход
Все темы
|
Новая тема
Стр.3 (4)
<<
< Пред.
|
След. >
>>
Поиск:
Автор
Тема: На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
tac
Сообщений: 2601
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 01 июл 14 11:40
Изменено: 01 июл 14 11:43
Цитата:
Автор: гость
думается, что никаких критических точек, указующих как именно и где именно следует образоваться бета-петле вы не получите..
Я не хочу переоценивать того, что сделано мной, но для двух структур это сделано (найдены критические точки) для рибозима вида "головка молотка" и для тРНК.
Что же касается предсказания вторичных структур (вы умудрились в одном предложении спутать нахождение критических точек и места образования вторичных структур) - то они уже сейчас достаточно хорошо предсказываются. Этого правда мало и данные должны быть дополнены изучением близких структур, полученных с помощью кристаллографии. ТАм находятся неканнонические связи, образование которых может быть важной критической точкой.
А забегать вперед я не люблю - это не для нашего века. На ваше пустословие "сложное не моделируется как простое" я отвечу своим пустословием "не понимая простого нельзя понять сложного".
[
Ответ
][
Цитата
]
tac
Сообщений: 2601
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 01 июл 14 11:53
Цитата:
Автор: гость
масса частных случаев ... грамматику укладки наскоком не вскрыть
Ни какой грамматики укладки нет ! Есть именно, что только масса частных случаев.
[
Ответ
][
Цитата
]
гость
78.25.123.*
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 01 июл 14 12:13
Изменено: 01 июл 14 12:34, автор изменений:
tac
переход на личности удален, остыньте, и жду что-то по сути темы.
[
Ответ
][
Цитата
]
tac
Сообщений: 2601
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 01 июл 14 12:41
Изменено: 01 июл 14 12:42
Единственно что было там по сути ... у вас действительно такое представление, что вы знаете достаточно, что брезгуете рассматривать детали сворачивания тРНК? А не кажется ли Вам, что стремление к всеохватности - это непродуктивно? Вот недавно я встретил деятелей, которые намерялись промоделировать РНк длиной в 7 тыс нуклеотидов ... не нужно и говорить, что это закончится пшиком, т.к. сейчас я не вижу у многих понимания того как сворачиваются две спирали по 20 нуклеотидов ... - о чем можно говорить с такими людьми?
[
Ответ
][
Цитата
]
гость
78.25.123.*
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 01 июл 14 13:06
Изменено: 01 июл 14 13:15, автор изменений:
tac
*
[
Ответ
][
Цитата
]
antol
Сообщений: 370
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 14 июл 14 3:40
Цитата:
Автор: tac
Вопрос в методологии. Опять же есть некоторые деятели, которые считают, что можно моделировать белки, и даже сложные (более 200 аминокислот) белки, не умея при этом с достаточной точностью моделировать фолдинг РНК (как более простой системы, но в то же время еще никем до конца не решенной).
Вопрос в том какая польза от таких попыток к моделированию?
Третий вопрос. На сколько модель должна соответствовать оригиналу. Нужно ли в модели учитывать реальную физику и биологию процесса фолдинга? Чем можно принебречь? Какие преимущества и недостатки в этом есть?
Кто должен отвечать на эти поставленные вами вопросы?
Вот, если бы вы попробовали оформить задачу свертки РНК в форме игры и в наиболее упрощенном виде.
Оставить в модели игры только главное (?)
- упорядоченная цепочка нуклеотидов;
- геметрическая форма; точки поворотов плоских групп атомов;
- варианты парной связанности;
У задачи свертки есть критерий истинности - результат свертки реальных природных цепочек.
Результатом реализации игры должна быть логика, некоторый алгоритм, использоние которого ведет к сворачиванию цепочек.
Желательно иметь на входе тестовый набор наиболее простых существующих цепочек из одного семейства для известна свернутая форма.
Мне было бы интересно участие в таком проекте. (!)
[
Ответ
][
Цитата
]
tac
Сообщений: 2601
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 14 июл 14 3:55
Изменено: 14 июл 14 4:03
Такая игра уже есть FoldIt поищите гуглом - поиграйте, у ютобе есть ролики ... тогда поговорим
P.S. не вижу проблем, чтобы иметь такой вид как вы излагаете (правда детали мне не очень ясны пока, но принципиально все вроде подъемно)
[
Ответ
][
Цитата
]
antol
Сообщений: 370
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 14 июл 14 5:22
http://ru.wikiversity.org/wiki/FoldIt_Wiki
FoldIt (рус. Фолдит) — авторы игры рассчитывают на такую человеческую особенность, как интуиция.
Игра похожа на объёмный тетрис, в котором требуется оптимальным образом свернуть белок.
Так что этот проект интересен возможностью отыскать среди обыкновенных людей тех, кому дарована способность «чувствовать» структуру белка.
http://habrahabr.ru/post/140150/
Во-первых, почему РНК, а не белок? Просто потому что это проще. Нельзя понять как сворачиваются белки, не понимая как сворачиваются более простые молекулы РНК. Мы ведь не биологи, и нам важен не практический биологический результат, а понимание процесса математически/кибернетически.
Но мы поступим совершенно по другому. Мы будем учитывать ТОЛЬКО важность образования водородных связей и отсутствие запрещенных ковалентных (что это такое объясню позже).
Вот эта направленность мне и интересна.
Но хотелось бы знать насколько можно
геометрически упростить
задачу?
Имеются ли группы жестко связанных расстояния и углами атомов?
Судя по нижеследующей цитате от вас - вариантов взаиморосположений атомов очень много(?)
http://habrahabr.ru/post/140154/
Цепь поворачивается только путем поворотов 9 торсионных углов. Ни как по другому она двигаться не может — запрещено биологией (энергией). 6 углов находятся в так называемой главной цепи, то что на рисунках в прошлой статье показывается сплошной линией. Тут обозначены греческими буквами начиная с альфа. Еще три угла в боковой цепи, сильно между собой зависимы, т.е. нельзя их поворачивать независимо — поэтому далее мы будем называть это углом с номером 7 — но на самом деле там будет комбинация из трех углов.
Цитата:
Автор: tac
P.S. не вижу проблем, чтобы иметь такой вид как вы излагаете (правда детали мне не очень ясны пока, но принципиально все вроде подъемно)
Так давайте обратимся к деталям(?)
Хотелось узнать от вас, особенно не утруждаясь в поиске, каковы наипростейшие экземпляры реальных (семейств) цепочек РНК?
[
Ответ
][
Цитата
]
tac
Сообщений: 2601
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 14 июл 14 6:01
Изменено: 14 июл 14 6:04
> вариантов взаиморосположений атомов очень много
Да, именно так, на группы вы это не разделите - упростить не получится.
> Хотелось узнать от вас, особенно не утруждаясь в поиске, каковы наипростейшие экземпляры реальных (семейств) цепочек РНК?
Наиболее простой - это рибозим которым я занимался
http://cyberrise.eu/blog/?p=19
Там две цепи .. но отдельно можно заниматься одной цепью, правда в природе ее не бывает почти.
следующей по сложности тРНК (о них больше информации есть), но там уже 3 цепи
P.S. Я могу вам дать демо-кусок моей программы, в котором Вы сможете в ручную покрутить РНК, чтобы понять проблематику "ручками"
[
Ответ
][
Цитата
]
antol
Сообщений: 370
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 17 июл 14 1:49
О каких цепях вы говорите в предыдущем сообщении мне не понятно?
Цитата:
Автор: tac
Я могу вам дать демо-кусок моей программы, в котором Вы сможете в ручную покрутить РНК, чтобы понять проблематику "ручками"
Вашей программой вы пытаетесь навязать мне ваше видение, а это как раз и ненужно делать. (!?)
Будет много лучше, если вы согласитесь ответить на мои глупые вопросы.(?)
Каким образом вы пытаетесь свернуть цепочки более-менее понятен - перебором вариантов на уровне атомов.
Вопрос в другом - почему вы не желаете использовать имеющиеся информационные моменты (а также программной возможности наделения интелектом звенья цепи)?
Мне кажется совершенно не логичным ваш подход при свертке рибозим начинающийся с середины цепочки, с петель L2 и L3.
Почему свертка цепи изначально не осуществляется из двух активных локальных центров светки - начала и конца цепочки? Т.е. по модели "змеи хватающей себя за хвост"?
Почему свертку цепи не проводится в два этапа:
первого информационного этапа, на котором при скольжении активных начала и конца цепи вдоль цепи определяются комплементарные пары стеблей нуклеотидов, (возможно также определяется третичная геометрия структуры цепи)
и второго этапа, на котором осуществляется точное межатомное связывание?
Для тРНК активных локальных центров свертки может быть еще большее, в силу использования участками цепи нестандартых нуклеотидов. (?)
[
Ответ
][
Цитата
]
tac
Сообщений: 2601
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 17 июл 14 4:17
Изменено: 17 июл 14 4:19
Своей программой я хочу вам единственно показать каким образом вращаются молекулы в РНК. Не понимая этого Вы скорее всего будите не понимать проблемы фолдинга.
Я не очень понимаю ваше предложение, но мне показалось оно похоже на предложение на другом форуме
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=547224
я там ответил.
Если я не ответил на все ваши вопросы (то это в силу не допонимания), можете их пронумеровать и задать еще более расширенно?
[
Ответ
][
Цитата
]
antol
Сообщений: 370
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 17 июл 14 23:14
Вот у вас на сайте имеется интересная картинка (!)
Насколько правильна геометрия этой конструкции?
Известны ли конкретные (эталонные) величины межатомных расстояний и углов межатомных связей в этой конструкции?
Правильно ли я понимаю - при повороте по некоторой связи (например альфа) поворачиваются все атомы конструкции расположенные ниже этой связи?
[
Ответ
][
Цитата
]
tac
Сообщений: 2601
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 18 июл 14 6:28
Изменено: 18 июл 14 6:32
Да, полностью правильна. Как раз в моей программе и рассчитывается (рисуется) такая структура со всеми расстояниями и углами для заданной РНК (в виде вытянутой цепи). При этом важно, что расстояния между атомами в нуклеотиде не меняются - меняются только 7 торсионных углов (упрощенно говоря, это вращение по конусу)
Да, правильно понимаете - "поворачиваются все атомы конструкции расположенные ниже этой связи".
[
Ответ
][
Цитата
]
tac
Сообщений: 2601
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 22 июл 14 5:47
Статья на хабре -
http://habrahabr.ru/post/230615/
[
Ответ
][
Цитата
]
antol
Сообщений: 370
На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
Добавлено: 01 авг 14 12:36
Изменено: 01 авг 14 12:37
Цитата:
Автор: tac
> вариантов взаиморосположений атомов очень много
Да, именно так, на группы вы это не разделите - упростить не получится.
Разве?
А как же структурная сборка звена цепи из частей: фосфатная группа, рибозима и нуклеотид?
Цитата:
Автор: tac
Как можем видеть, общий профиль практически совпадает.
Ваше "практически совпадает" - означает, что профили не совпадают. А "чуть - не считается", как говорит русская детская поговорка.
Полагаю, возможность существование иных, отличающихся от ваших, методов построения третичной формы. (?)
Цитата:
Автор: tac
Разделим задачу на части, и поищем не все тРНК, а те которые приносят Фенилаланин. А раз так мы точно знаем, что в центре находится последовательность gaa. Тогда мы можем искать все такие последовательности в геноме, у которого в середине gaa, а также имеется соответствующий профиль:
(((((((..((((........)))).(((((((gaa))))))).....(((((.......))))))))))))
(((((((..((((........)))).((((((gaa.)))))).....(((((.......)))))))))))).
Вот этим я собираюсь заняться в ближайшее время — достоверно найти все тРНК в секвенированных геномах бактерий.
А причем собственно эти конкрентные профили?
Что, бактерий имеющих иные профили среди приносящих Фенилаланин не бывает?
[
Ответ
][
Цитата
]
Стр.3 (4)
:
1
2
[3]
4
<<
< Пред.
|
След. >
>>
Главная
|
Материалы
|
Справочник
|
Гостевая книга
|
Форум
|
Ссылки
|
О сайте
Вопросы и замечания направляйте нам по
Copyright © 2001-2022, www.gotai.net