Форум: Проблемы искусственного интеллекта

Регистрация | Вход

Все темы | Новая тема  Стр.2 (4) << < Пред. | След. > >>    Поиск:
Автор	Тема: На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
гость 78.25.122.*	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 3:56 ну, правдоподобие тоже бывает разным.. думаю (совсем точно не знаю), что в глобулярном ядре аминокислотные остатки (мы ж о белках?) cильно 'застеклованы', хотя некоторые вполне могут иметь остаточную подвижность. Периферические остатки более подвижны, но, опять же, по-разному. Но и ядра бывают разные - более жесткие и менее жесткие. [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 7:15 Цитата: Автор: гость ну, правдоподобие тоже бывает разным.. думаю (совсем точно не знаю), что в глобулярном ядре аминокислотные остатки (мы ж о белках?) cильно 'застеклованы', хотя некоторые вполне могут иметь остаточную подвижность. Периферические остатки более подвижны, но, опять же, по-разному. Но и ядра бывают разные - более жесткие и менее жесткие. Ну, давайте посчитаем прочность водородной связи. Допустим имеем связь N6+1H6 - O4 Известно, что если расстояние между H и О будет меньше 3 А, то можно считать, что водородная связь образовалась. Но при этом не должна образоваться ковалентная связь. Радиусы Вандервальса для О = 1.3, а для H = 1.0. Соответственно, ковалентная связь образуется, при расстоянии между H и О меньше (1.3+1.0)*0.6 = 1.38 А . Таким образом, на свободное колебание без угрозы разорвать водородную связь имеется расстояние 3-1.38= 1.62. Понятно, что чем больше водородных связей сцепляет некий участок, тем свобода колебаний уменьшается, но остается достаточной для вращения в ряде случаев в определенных вариациях. Поэтому, мы не можем говорить о жестком, без вариантном сцеплении. Всегда есть некий коридор колебаний. А значит, существует и множество траекторий, которые обеспечивают сворачивание. И путь траектории определяется тем становится ли возможным в определенном порядке образовать водородные связи, стэкинг-взаимодействия и прочие. [Ответ][Цитата]
гость 78.25.122.*	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 7:40 это все как раз понятно (цифры можно уточнить), ясно что 'застекловыывание' кора не совсем жесткое даже в жестких ядрах. Но вопрос не о множестве путей фолдинга, а вопрос, кажется, в том, что нет определенной эквифинальности - ядро может организовываться несколькими способами - близкими по свободной энергии и даже с заметной разницей в энергии - при возникновении стерических барьеров, скажем. [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 8:21 Изменено: 01 июл 14 8:22 Цитата: Автор: гость это все как раз понятно (цифры можно уточнить), ясно что 'застекловыывание' кора не совсем жесткое даже в жестких ядрах. Но вопрос не о множестве путей фолдинга, а вопрос, кажется, в том, что нет определенной эквифинальности - ядро может организовываться несколькими способами - близкими по свободной энергии и даже с заметной разницей в энергии - при возникновении стерических барьеров, скажем. Вопрос о множестве путей фолдинга важен. А что до энергии, уже не раз было сказано - что энергия это излишний параметр при моделировании. [Ответ][Цитата]
гость 78.25.122.*	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 9:05 ну, очевидно важен, если они 'топологичеcки' не эквивалентны, проходят через разные (различающиеся) ловушки. Но если пути 'расходятся' 'на поледней миле' (положим) (т.е. переходы между интермедиатами обратимы со сравнительными коэффициентами) то тогда важен именно вопрос о нетождественности финалей. Ну и что что вы сказали про 'излишность' энергии - у простых систем в дейсвительности не так уж много возможности плотной упаковки - их можно найти и 'безэнергетически' (хотя как? - т.е. эвристически (геометрически), эмпирически?). - Это же не значит, что для больших систем возможна такая же абстракция.. [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 10:00 Изменено: 01 июл 14 10:03 Цитата: Автор: гость ну, очевидно важен, если они 'топологичеcки' не эквивалентны, проходят через разные (различающиеся) ловушки. Но если пути 'расходятся' 'на поледней миле' (положим) (т.е. переходы между интермедиатами обратимы со сравнительными коэффициентами) то тогда важен именно вопрос о нетождественности финалей. Ну и что что вы сказали про 'излишность' энергии - у простых систем в дейсвительности не так уж много возможности плотной упаковки - их можно найти и 'безэнергетически' (хотя как? - т.е. эвристически (геометрически), эмпирически?). - Это же не значит, что для больших систем возможна такая же абстракция.. В сворачивании есть определенный порядок - стадии сворачивания, точнее я их называю критические точки сворачивания. Между которыми без разницы какая будет траектория, но не пройдя последовательно вот эти критические точки - сворачивания не будет (собственно, и понимания того каким образом сворачивается та или иная молекула). Чтобы было понятно, возьмем мой обзор про D-петлю тРНК: Цитата: В отличии от сворачивания А-спирали тРНК (которое происходит сравнительно просто), сворачивание D-спирали достаточно сложно. Это вызвано как минимум тремя причинами: (1) в петле D-спирали присутствует неканоническая водородная связь между нуклеотидами 54-58 (см. нумерацию нуклеотидов во вторичной структуре); (2) нуклеотиды 59 и 60 находятся под действием сильного стэкинг взаимодействия, причем они вывернуты из спирали наружу; (3) последующие образование спирали должно идти с дополнительным ограничением, так чтобы после завершения сворачивания нуклеотид 48 смог установить стэкинг взаимодействие с нуклеотидов 59, что приводит к тому, что спираль скручивается в достаточно сжатый клубок. Такие этапы сворачивания мы называем критическими точками, т.к. силы воздействующие на сворачивание в разные этапы существенно меняются, после прохождения таких критических точек. Автоматически предсказать такое сложное сворачивание только на основании первичной последовательности невозможно. Установить причину почему сворачивание идет таким образом — это задача биофизиков и биохимиков. С точки же зрения биоинформатики, мы можем выдвинуть гипотезы о наличии (но не о их причинах) конкретных критических точек, ориентируясь на полученное (например с помощью кристаллографии) нативное состояние близких структур и проверить путем моделирования, действительно ли предполагаемые критические точки на траектории сворачивания позволяют получить конечное нативное состояние. Так вот, нахождение этих критических точек - задача на данный момент действительно эвристическая. Но от точки к точке можно моделировать пути достижения. Кроме того, становится понятно, что если невозможно путем моделирования продвинутся от точки к точке - то значит, что мы потеряли еще одну (или несколько) критических точек. в больших системах все тоже самое, только точек больше. [Ответ][Цитата]
гость 78.25.122.*	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 10:13 ну, концепция инициаторов фолдинга белка, 'зародышей' вторичных и надвторичных структур вполне известна и работоспособна - даже принимается, что только она и позволяет решить парадоксы быстрого правильного фолдинга (когда он дейсвительно самопроизволен). обращает на себя внимание ваше же замечание, что 'сложное' cворачивание предсказать только по первичной информации невозможно (или запредельно трудно). Это именно тот общий тезис, с которым вы принялись почему-то активно спорить. ну, да, ваш метод критических точек это разновидность многочисленных эмпирико-эвристических методов. для сложных систем сложность общей ситуации (о которой я много говорил) в ваших терминах будет выражаться в форме 'некатегорических' критических точек, их зависимости друг от друга - по типу что если некая точка отменилась, то должны быть реализованы такие-то следующие точки отличные от тех, если бы эта точка реализовалась. [Ответ][Цитата]
гость 78.25.122.*	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 10:19 в белках как раз есть та трудность, что альфа-спирали сворачиваются быстро, а бета-слои образуются (упорядочиваются) гораздо медленнее, вета-петли проявляют лабильность - итоге гетерохронная динамика в сложных случаях становится альтернативной. Есть же весьма 'неочевидные' конструкции типа бета-бочонков и проч. [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 10:50 Цитата: Автор: гость обращает на себя внимание ваше же замечание, что 'сложное' cворачивание предсказать только по первичной информации невозможно (или запредельно трудно). Это именно тот общий тезис, с которым вы принялись почему-то активно спорить. есть существенная разница: "Автоматически предсказать такое сложное сворачивание только на основании первичной последовательности невозможно. " Т.е. человек предсказать (найти критические точки) может, а машина нет. [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 10:54 Цитата: Автор: гость разновидность многочисленных эмпирико-эвристических методов. да нет таких методов, кроме моего [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 10:59 Цитата: Автор: гость для сложных систем сложность общей ситуации (о которой я много говорил) в ваших терминах будет выражаться в форме 'некатегорических' критических точек, их зависимости друг от друга - по типу что если некая точка отменилась, то должны быть реализованы такие-то следующие точки отличные от тех, если бы эта точка реализовалась. такое более чем сомнительно. [Ответ][Цитата]
гость 78.25.122.*	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 11:15 речь о том, что АПРИОРИ и человек не может. И природа не может - хотя конформации вцелом более-менее устойчивы к точечным мутациям, но глобально структуры глобулярных белков прошли длительный путь эволюционного тестирования, отбора, подбора, формирования систем поддержки фолдинга. ну, пока ваш метод себя не проявил на белках. Даже на рнк вы пока поупражнялись на ср. простых структурах - есть же еще самосборка рибосом, процессирование матричной рнк.. ну, сомневаться очень полезно - вредно быть самоуверенным без должных на то оснований.. [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 11:19 Цитата: Автор: гость ну, пока ваш метод себя не проявил на белках. Даже на рнк вы пока поупражнялись на ср. простых структурах - есть же еще самосборка рибосом, процессирование матричной рнк.. Ну, что я могу сказать ... все познается в сравнении ... пока другие методы и таких результатов не дают ... [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 11:21 Изменено: 01 июл 14 11:24 Цитата: Автор: гость речь о том, что АПРИОРИ и человек не может. И природа не может - хотя конформации вцелом более-менее устойчивы к точечным мутациям, но глобально структуры глобулярных белков прошли длительный путь эволюционного тестирования, отбора, подбора, формирования систем поддержки фолдинга. И человек может и природа, причем человек может больше чем природа, если поймет в чем дело (и только такого рода как мой метод позволит понять, а не искать случайное во случайном, как это делает молекулярный подход) ... но ваши сказки о шаперонах я уже устал слушать. Хотя не знаю, что вы понимаете под АПРИОРИ, но конечно человеку для анализа нужно несколько близких структур полученных кристолографией - тогда у него хватит информации. [Ответ][Цитата]
гость 78.25.122.*	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 11:29 да, но пока вы нас кормите сказками о 'своем супер-пупер методе' - эмпирическая эвристика это эмпирическая эвристика и тут совершенно нечем особо 'гордиться'. Какие такие сказки о шаперонах - это та сложная реальность которую нужно просто адекватно себе представлять. думается, что никаких критических точек, указующих как именно и где именно следует образоваться бета-петле вы не получите.. тут будет весьма сложная обусловленность, масса частных случаев, исключений, нежестких правил - о чем вам говорят чтобы вы были готовы и не ломились туда где хода нет (cтрогого детерминизма по первичной информации). Cтруктурных мотивов в белках много больше чем в т-рнк - и они сложно обусловдены, грамматику укладки наскоком не вскрыть. вы открыли специально ветку - и уже устали слушать?? [Ответ][Цитата]
Стр.2 (4): 1  [2]  3  4 << < Пред. | След. > >>