Форум: Проблемы искусственного интеллекта

Регистрация | Вход

Все темы | Новая тема  Стр.3 (4) << < Пред. | След. > >>    Поиск:
Автор	Тема: На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 11:40 Изменено: 01 июл 14 11:43 Цитата: Автор: гость думается, что никаких критических точек, указующих как именно и где именно следует образоваться бета-петле вы не получите.. Я не хочу переоценивать того, что сделано мной, но для двух структур это сделано (найдены критические точки) для рибозима вида "головка молотка" и для тРНК. Что же касается предсказания вторичных структур (вы умудрились в одном предложении спутать нахождение критических точек и места образования вторичных структур) - то они уже сейчас достаточно хорошо предсказываются. Этого правда мало и данные должны быть дополнены изучением близких структур, полученных с помощью кристаллографии. ТАм находятся неканнонические связи, образование которых может быть важной критической точкой. А забегать вперед я не люблю - это не для нашего века. На ваше пустословие "сложное не моделируется как простое" я отвечу своим пустословием "не понимая простого нельзя понять сложного". [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 11:53 Цитата: Автор: гость масса частных случаев ... грамматику укладки наскоком не вскрыть Ни какой грамматики укладки нет ! Есть именно, что только масса частных случаев. [Ответ][Цитата]
гость 78.25.123.*	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 12:13 Изменено: 01 июл 14 12:34, автор изменений: tac переход на личности удален, остыньте, и жду что-то по сути темы. [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 12:41 Изменено: 01 июл 14 12:42 Единственно что было там по сути ... у вас действительно такое представление, что вы знаете достаточно, что брезгуете рассматривать детали сворачивания тРНК? А не кажется ли Вам, что стремление к всеохватности - это непродуктивно? Вот недавно я встретил деятелей, которые намерялись промоделировать РНк длиной в 7 тыс нуклеотидов ... не нужно и говорить, что это закончится пшиком, т.к. сейчас я не вижу у многих понимания того как сворачиваются две спирали по 20 нуклеотидов ... - о чем можно говорить с такими людьми? [Ответ][Цитата]
гость 78.25.123.*	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 июл 14 13:06 Изменено: 01 июл 14 13:15, автор изменений: tac * [Ответ][Цитата]
antol Сообщений: 370	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 14 июл 14 3:40 Цитата: Автор: tac Вопрос в методологии. Опять же есть некоторые деятели, которые считают, что можно моделировать белки, и даже сложные (более 200 аминокислот) белки, не умея при этом с достаточной точностью моделировать фолдинг РНК (как более простой системы, но в то же время еще никем до конца не решенной). Вопрос в том какая польза от таких попыток к моделированию? Третий вопрос. На сколько модель должна соответствовать оригиналу. Нужно ли в модели учитывать реальную физику и биологию процесса фолдинга? Чем можно принебречь? Какие преимущества и недостатки в этом есть? Кто должен отвечать на эти поставленные вами вопросы? Вот, если бы вы попробовали оформить задачу свертки РНК в форме игры и в наиболее упрощенном виде. Оставить в модели игры только главное (?) - упорядоченная цепочка нуклеотидов; - геметрическая форма; точки поворотов плоских групп атомов; - варианты парной связанности; У задачи свертки есть критерий истинности - результат свертки реальных природных цепочек. Результатом реализации игры должна быть логика, некоторый алгоритм, использоние которого ведет к сворачиванию цепочек. Желательно иметь на входе тестовый набор наиболее простых существующих цепочек из одного семейства для известна свернутая форма. Мне было бы интересно участие в таком проекте. (!) [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 14 июл 14 3:55 Изменено: 14 июл 14 4:03 Такая игра уже есть FoldIt поищите гуглом - поиграйте, у ютобе есть ролики ... тогда поговорим P.S. не вижу проблем, чтобы иметь такой вид как вы излагаете (правда детали мне не очень ясны пока, но принципиально все вроде подъемно) [Ответ][Цитата]
antol Сообщений: 370	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 14 июл 14 5:22 http://ru.wikiversity.org/wiki/FoldIt_Wiki FoldIt (рус. Фолдит) — авторы игры рассчитывают на такую человеческую особенность, как интуиция. Игра похожа на объёмный тетрис, в котором требуется оптимальным образом свернуть белок. Так что этот проект интересен возможностью отыскать среди обыкновенных людей тех, кому дарована способность «чувствовать» структуру белка. http://habrahabr.ru/post/140150/ Во-первых, почему РНК, а не белок? Просто потому что это проще. Нельзя понять как сворачиваются белки, не понимая как сворачиваются более простые молекулы РНК. Мы ведь не биологи, и нам важен не практический биологический результат, а понимание процесса математически/кибернетически. Но мы поступим совершенно по другому. Мы будем учитывать ТОЛЬКО важность образования водородных связей и отсутствие запрещенных ковалентных (что это такое объясню позже). Вот эта направленность мне и интересна. Но хотелось бы знать насколько можно геометрически упростить задачу? Имеются ли группы жестко связанных расстояния и углами атомов? Судя по нижеследующей цитате от вас - вариантов взаиморосположений атомов очень много(?) http://habrahabr.ru/post/140154/ Цепь поворачивается только путем поворотов 9 торсионных углов. Ни как по другому она двигаться не может — запрещено биологией (энергией). 6 углов находятся в так называемой главной цепи, то что на рисунках в прошлой статье показывается сплошной линией. Тут обозначены греческими буквами начиная с альфа. Еще три угла в боковой цепи, сильно между собой зависимы, т.е. нельзя их поворачивать независимо — поэтому далее мы будем называть это углом с номером 7 — но на самом деле там будет комбинация из трех углов. Цитата: Автор: tac P.S. не вижу проблем, чтобы иметь такой вид как вы излагаете (правда детали мне не очень ясны пока, но принципиально все вроде подъемно) Так давайте обратимся к деталям(?) Хотелось узнать от вас, особенно не утруждаясь в поиске, каковы наипростейшие экземпляры реальных (семейств) цепочек РНК? [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 14 июл 14 6:01 Изменено: 14 июл 14 6:04 > вариантов взаиморосположений атомов очень много Да, именно так, на группы вы это не разделите - упростить не получится. > Хотелось узнать от вас, особенно не утруждаясь в поиске, каковы наипростейшие экземпляры реальных (семейств) цепочек РНК? Наиболее простой - это рибозим которым я занимался http://cyberrise.eu/blog/?p=19 Там две цепи .. но отдельно можно заниматься одной цепью, правда в природе ее не бывает почти. следующей по сложности тРНК (о них больше информации есть), но там уже 3 цепи P.S. Я могу вам дать демо-кусок моей программы, в котором Вы сможете в ручную покрутить РНК, чтобы понять проблематику "ручками" [Ответ][Цитата]
antol Сообщений: 370	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 17 июл 14 1:49 О каких цепях вы говорите в предыдущем сообщении мне не понятно? Цитата: Автор: tac Я могу вам дать демо-кусок моей программы, в котором Вы сможете в ручную покрутить РНК, чтобы понять проблематику "ручками" Вашей программой вы пытаетесь навязать мне ваше видение, а это как раз и ненужно делать. (!?) Будет много лучше, если вы согласитесь ответить на мои глупые вопросы.(?) Каким образом вы пытаетесь свернуть цепочки более-менее понятен - перебором вариантов на уровне атомов. Вопрос в другом - почему вы не желаете использовать имеющиеся информационные моменты (а также программной возможности наделения интелектом звенья цепи)? Мне кажется совершенно не логичным ваш подход при свертке рибозим начинающийся с середины цепочки, с петель L2 и L3. Почему свертка цепи изначально не осуществляется из двух активных локальных центров светки - начала и конца цепочки? Т.е. по модели "змеи хватающей себя за хвост"? Почему свертку цепи не проводится в два этапа: первого информационного этапа, на котором при скольжении активных начала и конца цепи вдоль цепи определяются комплементарные пары стеблей нуклеотидов, (возможно также определяется третичная геометрия структуры цепи) и второго этапа, на котором осуществляется точное межатомное связывание? Для тРНК активных локальных центров свертки может быть еще большее, в силу использования участками цепи нестандартых нуклеотидов. (?) [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 17 июл 14 4:17 Изменено: 17 июл 14 4:19 Своей программой я хочу вам единственно показать каким образом вращаются молекулы в РНК. Не понимая этого Вы скорее всего будите не понимать проблемы фолдинга. Я не очень понимаю ваше предложение, но мне показалось оно похоже на предложение на другом форуме http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=547224 я там ответил. Если я не ответил на все ваши вопросы (то это в силу не допонимания), можете их пронумеровать и задать еще более расширенно? [Ответ][Цитата]
antol Сообщений: 370	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 17 июл 14 23:14 Вот у вас на сайте имеется интересная картинка (!) Насколько правильна геометрия этой конструкции? Известны ли конкретные (эталонные) величины межатомных расстояний и углов межатомных связей в этой конструкции? Правильно ли я понимаю - при повороте по некоторой связи (например альфа) поворачиваются все атомы конструкции расположенные ниже этой связи? [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 18 июл 14 6:28 Изменено: 18 июл 14 6:32 Да, полностью правильна. Как раз в моей программе и рассчитывается (рисуется) такая структура со всеми расстояниями и углами для заданной РНК (в виде вытянутой цепи). При этом важно, что расстояния между атомами в нуклеотиде не меняются - меняются только 7 торсионных углов (упрощенно говоря, это вращение по конусу) Да, правильно понимаете - "поворачиваются все атомы конструкции расположенные ниже этой связи". [Ответ][Цитата]
tac Сообщений: 2601	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 22 июл 14 5:47 Статья на хабре - http://habrahabr.ru/post/230615/ [Ответ][Цитата]
antol Сообщений: 370	На: Фолдинг белков и РНК - моделирование с помощью ИИ Добавлено: 01 авг 14 12:36 Изменено: 01 авг 14 12:37 Цитата: Автор: tac > вариантов взаиморосположений атомов очень много Да, именно так, на группы вы это не разделите - упростить не получится. Разве? А как же структурная сборка звена цепи из частей: фосфатная группа, рибозима и нуклеотид? Цитата: Автор: tac Как можем видеть, общий профиль практически совпадает. Ваше "практически совпадает" - означает, что профили не совпадают. А "чуть - не считается", как говорит русская детская поговорка. Полагаю, возможность существование иных, отличающихся от ваших, методов построения третичной формы. (?) Цитата: Автор: tac Разделим задачу на части, и поищем не все тРНК, а те которые приносят Фенилаланин. А раз так мы точно знаем, что в центре находится последовательность gaa. Тогда мы можем искать все такие последовательности в геноме, у которого в середине gaa, а также имеется соответствующий профиль: (((((((..((((........)))).(((((((gaa))))))).....(((((.......)))))))))))) (((((((..((((........)))).((((((gaa.)))))).....(((((.......)))))))))))). Вот этим я собираюсь заняться в ближайшее время — достоверно найти все тРНК в секвенированных геномах бактерий. А причем собственно эти конкрентные профили? Что, бактерий имеющих иные профили среди приносящих Фенилаланин не бывает? [Ответ][Цитата]
Стр.3 (4): 1  2  [3]  4 << < Пред. | След. > >>