tac, ваш подход решения задачи свертки нуклеотидной цепи, основывающийся на поиске значений поворотов атомов составляющих звенья цепи, на мой взгляд, совершенно бесперспективен.
Мне более симпатичен подход основывающийся на более детальных конструкциях атомов (а не просто - шарики) моделирущих валентные электроны, при этом на многие порядки уменьшая количества допустимых вариантов поворотов.
В плане построения таких моделей атомов интересны работы авторов Канарёва Ф.М. ("Физхимия микромира"), Никитина А.Н.
http://atom21.ru В монографиях Никитина имеется описание электронной оболочки атома водорода, основывающейся на данных спектрографии.
Предлагаю вниманию форумчан мою программную модель электронной оболочки атома водорода построенную на идеях Никитина
http://www.xsp.ru/antol/Nikita/Default.html Небольшое пояснение к работе модели можно видеть по ссылке
http://www.xsp.ru/antol/Nikita/NikitaDef.html Для возвращения к задаче фолдинга требуется иметь также, как минимум, модели электронных оболочек атомов углерода, азота, кислорода, фосфора, ...
А также иметь модели механизмов их межатомного валентного связывания. (!?)